Il Dottorato di Ricerca in Diritto Tributario Europeo è organizzato dall' Università degli Studi di Bologna, fin dal 2000, e dalle seguenti Università:

Vi sono ammessi, per ogni ciclo, un numero variabile (da 4 a 6) di laureati in Università italiane e di altri Paesi europei ed est-europei, di cui la metà con borsa di studio. Per essere ammesso ogni candidato dovrà superare una prova scritta ed una orale e sarà giudicato da una Commisione composta prevalentemente da Professori europei.

Ogni ciclo di dottorato ha la durata di tre anni accademici, nel corso dei quali il dottorando è impegnato nell'attività di ricerca presso la sede di Bologna. A tal fine frequenta i seminari che vengono annualmente organizzati presso la sede di Bologna e presso altre Università europee.

Inoltre ogni dottorando partecipa con propri interventi a tale attività didattica, discute in contraddittorio con docenti e colleghi le fasi di elaborazione della sua ricerca, trascorre all'estero ogni anno un periodo di studio, anche se non è impegnato in un accordo di co-tutela, deve superare annualmente l'esame di ammissione all'anno successivo. Al termine del ciclo discute la sua tesi di fronte ad una Commissione composta prevalentemente  da Professori europei.

Al termine del periodo, discutendo con esito positivo questa tesi avanti ad una Commissione formata da rappresentanti delle Università partecipanti, si consegue il titolo di Dottore di ricerca in Diritto tributario europeo.

Nell'ottica di favorire la mobilità della ricerca in Europa, è altresì offerta, a chi volesse approfondire specifiche tematiche comparative, la possibilità di svolgere, previa verifica linguistica e d'accordo con il collega della sede, il Dottorato in co-tutela con altre Università straniere, dove concentrare una parte consistente della propria attività di ricerca.

Attualmente, ai sensi dell'accordo tra i Ministeri dell'Università italiano e francese, nell'ambito dell'accordo-quadro tra la Conferenza dei Rettori italiana e la Conferenza dei Presidenti d'Università francese, risulta attivato presso l'Università di Bologna il Dottorato in co-tutela con l'Università "R. Schuman" di Strasbourg. Altri dottorati di ricerca sono attivi in co-tutela con le Università di Louvain La Neuve, Parigi II Assas, Castilla - La Mancha e con l'Universita di Barcellona "Pompeu Fabra".